Conformément à ses statuts et sur mandat, la CCIJ gère les secrétariats suivants :
- GastroJura, Fédération pour l’hôtellerie, la restauration et le tourisme : www.gastrojura.ch
- Chambre immobilière jurassienne : www.ciju.ch
- Association pour la formation commerciale initiale du Canton du Jura (AFCI-JU) : www.afci-ju.ch
- Salon interjurassien de la formation : www.salon-formation.ch
- Organisation du Concours des Métiers de bouche