Conformément à ses statuts et sur mandat, la CCIJ gère les secrétariats suivants :
- GastroJura, Fédération pour l’hôtellerie, la restauration et le tourisme : www.gastrojura.ch et Concours des métiers de bouche
- Association jurassienne des propriétaires fonciers : www.ajpf.ch
- Association pour la formation commerciale initiale du Canton du Jura (AFCI-JU) : www.afci-ju.ch